Nie wiem po czym masz butelkę... zmień ją albo lepiej kup w jakimkoleiwk sklepie ze szkłem laboratoryjnym butelkę ze szkła typu Simax (droga nie jest - kilkanaście PLN). Woda po RO ma bardzo niestabilne pH ze względu na praktycznie brak zdolności buforujących i zanieczyszczenia, które potencjalnie się do niej dostają (lub w niej pozostają - to jednak nie tłumaczy zmiany pH w czasie). Mierzyłem kiedyś opór wody z filtra akwarystycznego RO, wynosił około 17 MOhm/cm. W porównaniu do laboratoryjnej RO (18,2 MOhm/cm) jest wciąż nieco zanieczyszczona jonami (filtry RO akwarystyczne obniżają zawartość jonów o około 99-99,5%).
Poza butelką przychodzi mi na myśl jeszcze jedno rozwiązanie - woda po RO nie jest sterylizowana a Twoja butelka tym bardziej... może coś w niewielkiej ilości urosło przez noc... chociaż bakterie zazwyczaj obniżają pH a nie podnoszą.... podnoszenie pH jest charakterystyczne dla grzybków ale one z kolei zbyt powoli rosną i raczej nie w wodzie RO (nawet akwarystycznej).